Rozszyfrowywanie DNA w celu opanowania duru brzusznego
Po raz pierwszy na świecie najnowszą technologię sekwencjonowania DNA następnej generacji zastosowano w przypadku duru brzusznego. Wysiłki te pomogą nie tylko w doskonaleniu diagnostyki, ale także w prześledzeniu rozprzestrzeniania się choroby i uzyskaniu pełniejszego obrazu możliwości zwalczania choroby. Dur brzuszny to szczególnie niebezpieczna choroba, która mimo ogromnych wysiłków świata nauki nadal szerzy się na świecie. Ponad 600.000 osób umiera na dur brzuszny każdego roku, a według ostrożnych szacunków Światowej Organizacji Zdrowia co roku odnotowuje się 17 milionów przypadków zachorowań. Dur brzuszny jest przenoszony poprzez pokarm lub wodę skażone kałem zainfekowanej osoby. Chorobę powoduje bakteria salmonelli enterica serovar Typhi. Dur brzuszny jest związany z pewnym typem salmonelli, która tym różni się od wszystkich innych typów bakterii, że występuje wyłącznie u ludzi. Badanie dąży do wyznaczenia nowego standardu w analizowaniu ewolucji i rozprzestrzeniania się bakterii chorobotwórczej. Jest to rzeczywiście absolutnie pierwsze badanie obejmujące tak wiele próbek bakteryjnego czynnika chorobotwórczego, analizowanych tak szczegółowo. Jak dotąd naukowcy odkryli już wcześniej ukryte sygnatury genetyczne w ewolucji poszczególnych linii Salmonella Typhi. "Nowoczesne metody genomiczne można wykorzystać do opracowania sposobów leczenia chorób, które nękają ludzi od lat" - wyjaśnia profesor Gordon Dougan z Wellcome Trust Sanger Institute i jeden z głównych autorów badania. "Genomy to spuścizna historii istnienia organizmu wskazująca na ścieżki, którymi kroczył i na drogę, na której znajduje się obecnie." Nasza analiza sugeruje, że być może udało się znaleźć piętę achillesową pałeczki durowej. Przystosowując się wyłącznie do trybu życia ludzi, popadła w samozadowolenie, a jej genom ulega genetycznemu rozpadowi, co prowadzi ją do ewolucyjnej ślepej uliczki w przypadku nosicieli ludzkich." Zespół odkrył, że genom pałeczki durowej niszczeje tym bardziej, im bardziej zżywa się ze swoim ludzkim żywicielem. Innymi słowy, pałeczka durowa pozbywa się wszelkich genów, które są jej zbędne do życia, kiedy zamieszkuje w organizmie człowieka. Ale to nie wszystko, bowiem wcześniejsze badania sugerują również, że pałeczka durowa posiada strategię obrony przed układem odpornościowym organizmu. "Zarówno genom jak i białka tworzące powierzchnię pałeczki durowej - cel działania szczepionek - wykazują zaskakująco niską zmienność" - zauważył profesor Julian Parkhill, kierownik Pathogen Genomics. "Mogliśmy wykorzystać nowoczesne technologie, opracowane do analizowania zmienności genomu ludzkiego, do określenia tej zmienności. Jeszcze rok temu byłoby to niemożliwe. Opracowane przez nas technologie będzie można wykorzystywać w walce z innymi bakteriami chorobotwórczymi." Międzynarodowy zespół, w skład którego weszli naukowcy z UE i Wietnamu, opracował metody przydatne w identyfikowaniu ognisk. "Wykorzystując genomiczne osiągnięcia tego badania, możemy teraz skutecznie określić typ pałeczki, zidentyfikować szczep wywołujący infekcję, określić nosicieli i zorganizować program szczepień. To potężny krok naprzód" - powiedziała dr Kathryn Holt z Wellcome Trust Sanger Institute. Pozwoli on naukowcom zidentyfikować w przyszłości poszczególne organizmy, które rozprzestrzeniają się w populacji. Co więcej, zespół ma nadzieję, że mapowane dane będzie można wykorzystać w połączeniu z wynikami ich badań w celu lepszego kierowania kampaniami szczepień, zmierzającymi do całkowitego wyeliminowania duru brzusznego. "Wierzymy, iż wspólne programy szczepień w połączeniu z badaniami epidemiologicznymi, mające na celu zidentyfikowanie i wyleczenie nosicieli, umożliwią wyeliminowanie choroby jaką jest dur brzuszny" - powiedział profesor Dougan.
